$string = <<<EOF
// 原始自符串
EOF;

$pattern = '/<!--\[if.*?endif\]-->/s';

// 通过替换将得到你要的数据了
$newString = preg_replace($pattern, '', $string);

推荐一个比较方便的在线正则测试工具：
Online regex tester and debugger

<!--\[if.*<!\[endif\]-->