jquery中实现了Deferred对象，你这个问题就好办多了。
因为只是针对一个元素，动画积累的问题，可以交给stop来控制(若是包括了其它动画，这里就还需要全局动画变量来控制)。
而动画的先后过程控制，请用then。

$(function(){
    var fadeInAnimate=function(){
        return $(this).fadeIn(1000).promise();
    };
    var fadeOutAnimate=function(){
        return $(this).fadeOut(1000).promise();
    };
    $('.block').promise().then(fadeOutAnimate).then(fadeInAnimate).then(fadeOutAnimate).then(fadeInAnimate);
});

http://jsfiddle.net/htbNt/

用gif图片

你这里的代码首先是两个setTimeout()并列而且时间也一样。题主那种作法执行太快了，基本没效果。

我猜题主要的效果应该是hide之后1秒再show的意思，看了一下jquery的api>>
大概的作法 可以是hide完之后再settimeout，即回调里执行timeout。

$(document).ready(function(){
        var btn = $('#btn');
        //console.log("d");
        function show(){
               setTimeout(function(){btn.show();},1000)
        }
        function rc(){
            setTimeout(function(){
                         btn.hide(10,show);
                         console.log("hided?");
                     },1000);
        }
        setInterval(function(){rc();},1000);
    });

不过，闪烁估计不是我这种作法。我只是做个开头表示一下。:-)

setInterval(function(){
    $('#xx').toggle();
},1000)

你没效果的原因是同时设置 setTimeout，而且时长也是一样的，差不多同时隐藏同时显示了，在很微小的时间内肉眼看不清变化

你要的就是一个闪烁的效果吧！？

$('.XX')
.fadeOut(100)
.fadeIn(100)
.fadeOut(100)
.fadeIn(100);

    var e = document.getElementById("Your ID");
    function hide() {
                    // Your Code
        e.style.cssText = "display: none";
    }
    function show() {
                    // Your Code
        e.style.cssText = "display: inline";
    }

    setInterval(hide, 1000);
    setInterval(show, 2000);

来个CSS版的：

http://jsfiddle.net/v8Uc8/2/

var flag = true;
setInverval(function(){
    (flag = !flag) ? show() : hide();
},1000);