看来题主不怎么理解Docker的运行模式啊。

首先，这是使用Dockerfile构建镜像的过程，第一句

FROM  php:5.6-cli

表示了这个镜像构建自官方的 php:5.6-cli 镜像的基础之上。

好了，基于这个Dockerfile,使用 docker build 命令就可以构建一个新的镜像了。
容器是基于镜像启动的，一个镜像可以启动多个容器。

COPY 指令将当前目录的代码放进了容器内部的目录下，且设置了 WORKDIR 具体含义请参考官方文档。

最后的 CMD 命令是容器启动时的要执行的bash命令。

好了，至此，整个大概的流程就是这样。

在Docker的工作机理上来说，容器基于镜像启动之后，其与宿主机之间是隔离的，所以，你得把代码放进容器内部才能使用内部的 PHP 环境。多个容器之间为了绕过联合文件系统，达到文件的共享的话，请参阅 VOLUME 指令。

docker就是这样的流程，你的代码要重新放到一个镜像 ， 如果你要自己做php7镜像 可以看看这个： docker php7镜像

大概意思是让我在php代码目录新建一个Docerfile，然后把代码和下载的php镜像打包到一起构建一个新的镜像，是这意思吧？

是这个意思，你的理解没有问题

那这镜像好大，并且，为什么要放到一起？分开不是很好吗？

可以分开，也可以不分开，取决于你的需求。
不分开就是在Dockerfile中COPY文件夹进去，分开的话在run镜像的时候指定-v挂载本地文件夹。
比如你做了一个外包项目，你把代码打包在镜像里面，再把镜像发给别人，这种情况下你不用分开。
如果你在开发项目的过程中，你把代码和运行环境分开的话才能更好的开发，否则每次改一下代码就要打包一下。