可以选择一款成熟的前端框架来写，公共的部分(headerBar, sideBar, footer)写成可复用的组件就方便很多了，和后端的交互用ajax传输json。后台管理系统的话用angular.js好像方便些，处理表单，表格什么的，通过angular的指令能方便很多。1.x版本可以通过directive自定义指令，内部自带精简版的jQuery(好像叫jQLite)，$ajax，如果是RESTful server-side，可以使用$resource，路由上ui-router比较好用，不讲究样式的话，angular-ui-bootstrap提供了大部分写好的指令直接使用。

angularjs 全覆盖

分两种 一种是ajax或者类似freemark的included。一种是单页面方式，也就是点击每个菜单都是一个新页面

大部分采用后者

影响页面加载速度的是数据，图片等内容，这都可以解决，看淘宝什么的。人家优化的就是牛

现在都是用框架 的router，通过页面hash刷新页面，你说的导航和顶部作为layout，layout里的内容就是每个页面hash的内容，每个ajax请求写在相应页面部分，layout只会刷新一遍，你找一个框架实践一下就知道了

我也有过类似的困惑，后来研究过几个后台管理系统，大体就是你所说的那两种，一种异步ajax加载页面信息的技术；一种网页全刷新的，这种也包含使用iframe模式的和纯粹网址刷新的。我比较常使用iframe模式，异步模式在展示逻辑复杂的数据时对js要求较高。全网页刷新模式可以使用上面仁兄说的公共组件、layout布局等技术简化开发。至于速度，静态文件多做些优化影响不大。
Hash技术模式也不错，我比较感兴趣不过还没深入研究。