php和php-fpm都可以通过参数-c指定php.ini文件所在目录:
php -h 和 php-fpm -h 可见

-c <path>|<file> Look for php.ini file in this directory

--with-config-file-path=/usr/local/php5.6/lib/ php.ini 存放位置
--with-config-file-scan-dir=/usr/local/php5.6/lib/conf.d 扩展文件目录

你手动开启php-fpm可以通过指定-c参数来确定加载的php.ini php-fpm.conf位置，但是默认位置只能通过编译configure 参数来指定