你的这个问题的根本是没弄清楚MySQL是C/S结构的应用，你访问的任意如navicat, phpmyadmin之类的管理客户端，以及包括你的php和node代码，都只是在使用某个mysql的客户端而已（一般而言，是基于libmysql实现的，当然php的最近版本都是通过其自己的mysqlnd实现的）
真正的MySQL是默认监听3306端口的服务器端程序，既然你是xampp装上去的，那么它应该会位于/Application/XAMPP下面

Mac OS X的内核修改自BSD，和Linux大同小异，但是OS X对于目录做了较多定制导致和BSD也有所差异，所以Linux的方案对于你来说可以参考但不能完全照搬，你理清楚OS X的目录规划就大致上没问题了。