我的是模仿 Linux 目录结构:

bin        维护脚本
lib        运行库
etc        配置
var        数据文件
    log    日志文件
    tmp    临时文件
    ...
web        HTML文件

我的项目

我比较喜欢Yii的结构：

backend
    controllers
    models
    views
    
common
    controllers
    models
    views
    
frontend
    controllers
    models
    views

个人(前端)喜欢第二种，方便修改和后期维护，无奈公司用的是第一种

第二种吧！个人习惯而已。

用分区式架构

第一种比较符合MVC架构，将Model(处理数据业务)、View(视图)以及Controller(控制器)分开，再结合单一入口，更方便管理控制。

两种都是都用在mvc框架的。我目前使用第二种方式，因为我用nodejs＋express,调用文件时使用相对路径，而且这样在复制文件时比较方便。

.net和java使用import不需要考虑路径吧，所以无所。
php不是很清除