警告，使用eval是非常危险的行为！
特别是你们对于这个command参数甚至没有任何加密和过滤处理，那么用户哪天传一个参数能查看，显示，编辑其内容，甚至修改，删除服务器所有文件的代码也是可以直接运行的（当你的PHP在以root运行）

抛开这个不谈来分析这个问题
服务器进行eval时，它实际上是等价于运行：

base64_decode("ZWNobyAndGVzdCc7");

这时候会得到一个字符串

echo 'test';

然而，因为你的eval只有一个，所以后面这个base64解码出来的文本，实际上只是一段文本，表达式到这个时候就已经结束了，不会再继续运行，所以要达成楼主的目的，应该是需要这样：
http://test.cn/2.php?command=echo base64_decode("dGVzdAo=");
或者这样：
http://test.cn/2.php?command=eval(base64_decode("ZWNobyAndGVzdCc7"));