我们公司采用的是Thrift框架来实现跨语言RPC调用，java主要负责业务逻辑，php主要做页面渲染路由层的工作，据了解淘宝和美团都有用到这种技术，但是也有用Restful架构的。

java负责数据处理，php从java那里取得处理结果，然后加载页面。通信用json即可，或者你可以使用一些第三方的跨语言通信库，比如facebook的swfit，google的protoBuf

我们之前有个项目是用的.net+php，.net负责model层，php负责控制器层，视图层用的smarty。总之 大体上还是MVC，php通过调用.net服务(接口)来获取数据。php和.net之间用的php的soap扩展(webservice里调用的)。你对比着看下。其实我也不是太了解。