握爪，我也是自学，这些信息可以参考框架，比如codeigniter，laravel这几个设计的都很标准。

登录的部分：
表单用post提交用户名和密码，先假设你在数据存的密码是通过用户名和密码MD5后得来的，把表单提交过来的用户名和密码MD5后和数据库对比，如果一样，就成功啦，然后创建一个session在所有的页面来维持登录状态，Session关掉页面就没有了，这时候就可以用cookie了，用法就不说了。

看错了，关于文件组织的，看你用的什么框架应该有文档，都是MVC,八九不离十就是控制器，模型，视图，这些英文单词也很清楚啦

TP目录结构

www  WEB部署目录（或者子目录）
├─index.php       入口文件
├─README.md       README文件
├─Application     应用目录
├─Public          资源文件目录
└─ThinkPHP        框架目录

├─ThinkPHP 框架系统目录（可以部署在非web目录下面）
│  ├─Common       核心公共函数目录
│  ├─Conf         核心配置目录 
│  ├─Lang         核心语言包目录
│  ├─Library      框架类库目录
│  │  ├─Think     核心Think类库包目录
│  │  ├─Behavior  行为类库目录
│  │  ├─Org       Org类库包目录
│  │  ├─Vendor    第三方类库目录
│  │  ├─ ...      更多类库目录
│  ├─Mode         框架应用模式目录
│  ├─Tpl          系统模板目录
│  ├─LICENSE.txt  框架授权协议文件
│  ├─logo.png     框架LOGO文件
│  ├─README.txt   框架README文件
│  └─index.php    框架入口文件

这在TP的基础栏目就有，靠自己啦
http://document.thinkphp.cn/manual_3_2.html#directory_structure

中二病犯了，过几天就好了
我还以为是啥大问题呢，原来是接触了新东西不适应而已

其实可以看看你要学习的框架的视频教程，比如ThinkPHP的话，你可以从官方视频教程中，实例中看到他们时怎么组织代码的，这样你就可以大概的了解到了。