找到解决方法了，把传输的内容用base64编码再传输就可以了。

同事提示用二分法去查找问题，所以我做了下面的尝试：

1、先把服务器序列化后的内容存到内存，然后反解，发现没问题。初步猜想可能是内容在传输的过程中出了问题。因为客户端和服务端之间是用http传输的，可能是内容编码格式有问题。
2、让客户端的同事帮忙把收到的内容存到文件系统，然后对比服务端的内容，确认是不是存在编码问题。最后发现，两者的内容长度不一样，确认是传输过程中出了问题。
3、查了下网上的一些说法，二进制的内容不能直接在http协议传输，于是该用base64编码之后再传输出去，客户端拿到再反解，能拿到最后的数据了。

暂时还没想到为什么用protobuf-php库把内容序列化后，再传输为什么会不行，待补充......