在输出前先输出一个nginx特定的header：

header('X-Accel-Buffering: no');

这样无需设置什么gzip啊，缓存大小啊什么的
官方文档

flush();
ob_flush();

WAMP下：

for($i=1;$i<=10;$i++){
        echo str_pad(' ', 4096);
        echo json_encode(array('error'=>0,'msg'=>'这是测试的输出——'.$i));
        ob_flush();
        flush();
        sleep(1);
    }

我试了试，这样是可以的。
http://segmentfault.com/q/1010000000447596

Ngnix下：
关闭php.ini下的：zlib.output_compression = Off
关闭nginx.conf下的：gzip off
修改代码为echo str_pad(' ', 64000);

function  test(){
    header("Content-Encoding: none\r\n");
    ini_set('zlib.output_compression', 'off');
    ob_start();
    for($i=0;$i<100;$i++){
        echo str_repeat(" ",4096);
        echo $i."<br>";
        ob_flush();
        flush();
        sleep(1);
    }
}

经测试，楼上回答正确。 完美解决了nginx下无法flush的问题