exec('cd /home/xxx/');//进入目录
exec("git pull origin master");//进行git拉取，前提是使用了ssh

在一个exec连在一起写吧，cd不会修改父进程所在目录，另外最好把输出重定向到文件方便排查。

有时候需要git stash一下才行。。。而且要保证你命令行在终端下执行时可以正常运行的

请确保你的nginx，php-fpm的默认执行用户是你的部署用户。